Проблема при которой рядом с ярлыком "Консультант+" при его запуске появляются папка CONS.CFG и файл CONS_LOG.TXT конечно же существует, вот только это не совсем проблема. Обычно это выглядит примерно так:

На самом деле это вовсе не проблема просто по умолчанию в свойствах ярлыка в качестве рабочей папки программы указано C:\ConsUserData, в этой папке должны хранится ваши персональные настройки для Консультант+, а файл - лог работы с программой. 

На рабочем столе они будут появляться, если в ярлыке, который Вы запускаете для работы с Консультантом, в качестве рабочей папки указан рабочий стол или там пусто, так же есть вероятность что папка по умолчанию введена верно но в эту папку у пользователя по каким то причинам нет доступа(мой вариант). 

Если Вы впишите туда любую другую папку, которая есть на диске Вашего ПК (по-умолчанию там должно быть C:\ConsUserData), то эта папка и файл будут создаваться и храниться в указанной папке.

Если же проблема все же не в том что нет папки а в том что отсутствуют права у пользователя на внесение изменений в этой попке то я рекомендую просто вписать в это окошко стандартную папку %appdata% и нажать применить. Таким образом папки будут создаваться в папке пользователя на которые у него конечно есть права доступа.

На этом все. Как всегда все что кажется сложным оказалось вполне под силу любому рядовому пользователю!